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Bam.iobio:一个交互式的,实时的,序列比对检查应用程序

听听Gabor Marth的看法 解释bam.iobio和它在Scope Radio的特色节目.

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(盐湖城) Bam.iobio 这是第一个允许科学家在浏览器上分析基因组序列数据的应用程序吗, 交互式地, 并且是实时的, 而不必依赖于tb级的存储和巨大的计算能力. 由Gabor Marth博士领导的团队开发的一份描述该资源的出版物.Sc., USTAR基因发现中心联合主任,犹他大学人类遗传学教授, 出现在在线期刊上 自然方法 11月. 25.

该应用程序分析BAM序列比对文件, 从测序机生成的数据,包含序列质量和覆盖范围的详细信息. 通常,BAM解释需要数小时甚至更长时间才能完成, 并且仅以机器可读的格式进行编码. 第一次,砰.Iobio将这种详细的检查交给了研究人员. 数据以易于使用和直观的图形界面表示, 使科学家能够专注于感兴趣的特定区域或基因, 如果需要. 响应式格式使用户能够动态地自定义分析参数, 实时返回查询结果.

“以不断降低的成本生成整个基因组规模的数据的能力让社区感到惊讶,火星说。. “大发娱乐希望这些数据对研究人员真正有用. 大发娱乐正在消除对昂贵的计算和硬件投资的需求,这些投资以前限制了这种类型的分析通常在机构规模的数据中心进行."

Bam.Iobio将是第一个使用强大功能开发的系列应用程序 IOBIO “操作系统”. 这个系列的第二部, vcf.iobio, 还可以使用并使科学家能够交互式地分析基因组变异报告文件-单核苷酸多态性和结构遗传变异的数据, 并且是实时的. 在未来, 该团队计划开发交互式应用程序, 自定义基因注释, 用于检测患者基因组中的本地血统, 以及其他交互式基因组分析. 项目的下一阶段, 在未来三个月内发生, 是否会向开发者发布软件库,让他们可以基于IOBIO平台创建自己的应用程序.

尝试bam.io:登录http://bam.iobio.单击“选择Bam Url”,然后在默认Url旁边单击“go”.

尝试vcf.io:登录http://vcf.iobio.单击“选择VCF Url”,然后在默认Url旁边单击“go”.

主要的IOBIO项目网站:http://iobio.io.

通过观看下面的视频了解更多关于IOBIO的信息.

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bam的发展.iobio是由国家人类基因组研究所支持的

“砰.艾比奥:网上的, 实时, 交互式序列比对文件检查器应用程序, 出现在网上 自然方法 11月. 25, 是蔡斯·米勒写的吗, 易乔, 以及犹他大学人类遗传学系和USTAR遗传发现中心的Gabor Marth, Brian D'Astous曾在波士顿学院任教, 现在在国家公共广播电台.